Dans son rapport annuel, rendu public le 11 février 2014, la Cour des comptes pointe des « anomalies graves » dans la mission de sécurité sanitaire des aliments conduite par la Direction générale de l’alimentation du ministère de l’Agriculture (DGAL).
Particulièrement sévère à l’égard des contrôles destinés à assurer « l’innocuité » des denrées alimentaires, les magistrats de la rue Cambon dénoncent leur absence « à un niveau significatif » ainsi que « l’absence de sanctions suffisantes qui mettent en lumière des anomalies graves ».
Les constats concernent aussi bien les denrées animales que les produits végétaux, tant au niveau de la production, que de la transformation ou du transport et de la distribution. Elle stigmatise tout autant les professionnels, à qui revient la responsabilité première d’assurer des autocontrôles aux termes du « Paquet Hygiène » de la politique 
européenne, que l’État. Le rôle de ce dernier a évolué vers « un contrôle de second niveau », s’appuyant sur « un meilleur ciblage ».
La Cour des comptes souligne que les contrôles réalisés par le ministère de l’Agriculture « sont peu nombreux et les non-conformités rarement sanctionnées » dans les 506 000 établissements (de l’abattoir au restaurant) relevant de la compétence de la Direction générale de l’alimentation (DGAL). Entre 2009 et 2012, les contrôles ont baissé de 17 %, « plus de 7 % des entreprises de l’agroalimentaire n’ont pas fait l’objet d’une inspection sanitaire entre 2009 et
